Ныне учебное заведение является филиалом военно-космической академии имени Можайского, поэтому назначения определяют Президент России и министр обороны страны.

Андрей Ильиных — выпускник Академии Генерального штаба, долгое время служил в войсках ПВО, приехал в Ярославль в 2009 году, был заместителем начальника ракетного училища по научной и учебной работе. Прежний руководитель — генерал-майор Владимир Мартынов, возглавлявший училище 7 лет, уволен в запас.